APOE en sus datos en bruto de 23andMe o AncestryDNA: cómo leer rs429358 y rs7412

Su archivo en bruto de 23andMe o AncestryDNA contiene las dos variantes que definen el estado de APOE, rs429358 y rs7412, haya pagado o no por un informe de salud. Busque ambos rsID en el archivo, lea la pareja en la tabla de más abajo y tendrá su genotipo ε2/ε3/ε4. Antes de hacerlo, lea el párrafo siguiente: es un resultado que muchas personas desearían no haber consultado.

Antes de mirar. Este resultado cambia cómo se sienten las personas ante su futuro, no se puede olvidar y dice algo de sus padres, hermanos e hijos, que comparten sus alelos. La postura de la Alzheimer's Association es que toda persona que se plantee una prueba genética «debería recibir asesoramiento genético antes de que se solicite la prueba» (alz.org, consultado el 14 de octubre de 2026). En el ensayo REVEAL, 162 hijos adultos de pacientes con alzhéimer fueron aleatorizados y 111 de ellos conocieron su resultado de APOE con asesoramiento: de media no hubo ansiedad ni depresión significativas a corto plazo, pero quienes ya sufrían malestar psicológico de antemano fueron quienes peor lo pasaron (Green et al., NEJM 2009). Si ese pudiera ser su caso, hable primero con un profesional de asesoramiento genético. El archivo seguirá ahí el mes que viene.

Qué son APOE ε2, ε3 y ε4#

APOE es un gen del cromosoma 19 que codifica la apolipoproteína E, una proteína que transporta el colesterol en la sangre y en el cerebro. Tiene tres alelos comunes: ε2, ε3 y ε4. En todo el mundo, aproximadamente el 8 % de los alelos son ε2, el 78 % ε3 y el 14 % ε4 (Liu et al., Nature Reviews Neurology 2013). Usted porta dos, uno de cada progenitor, así que su genotipo es una pareja como ε3/ε3, ε3/ε4 o ε4/ε4.

ε4 es el factor de riesgo genético común más fuerte para la enfermedad de Alzheimer de inicio tardío; los estudios también describen asociaciones con un colesterol LDL más alto y con la enfermedad coronaria, por eso aparece en varias categorías de un informe basado en GWAS. ε2 se asocia a un menor riesgo de alzhéimer y a un LDL más bajo. Nada de esto dice si usted va a tener una enfermedad; la sección sobre las razones de posibilidades (odds ratio), más abajo, indica cuánto desplaza las posibilidades.

Los dos SNP: rs429358 y rs7412#

Los tres alelos se diferencian en dos posiciones, separadas por 138 bases:

• rs429358: cromosoma 19, posición 45 411 941 en el ensamblaje GRCh37, el que usan los archivos de 23andMe y AncestryDNA. La base de referencia es T; C define ε4 (Ensembl GRCh37, SNPedia rs429358, consultado el 14 de octubre de 2026).
• rs7412: cromosoma 19, posición 45 412 079 en GRCh37. La base de referencia es C; T define ε2 (Ensembl GRCh37, SNPedia rs7412).

La tabla usa las letras exactamente como las imprime un archivo de 23andMe: 23andMe indica cada genotipo en la hebra positiva de GRCh37 (lo dice la cabecera de su archivo, y la página de orientación de SNPedia dice lo mismo), ambos SNP son variantes de la hebra positiva en dbSNP, así que no hay que invertir nada, y las dos letras de una lectura se imprimen en orden alfabético, por lo que verá CT y no TC.

La correspondencia procede de la tabla de genosets de APOE de SNPedia; la frecuencia de ε3/ε3, de su página gs246, y las cifras de ε4 siguen las estimaciones de la Alzheimer's Association para Estados Unidos, según las cuales entre el 20 y el 30 % de las personas portan una o dos copias y alrededor del 2 % portan dos (alz.org, consultado el 14 de octubre de 2026). La fila CT/CT es una limitación de los datos de chip: un chip no puede saber si las dos lecturas heterocigotas están en el mismo cromosoma o en cromosomas opuestos.

Cómo encontrarlas en su archivo sin subirlo#

Tres pasos, sin necesidad de ningún sitio web:

1. Abra el archivo en un editor de texto plano. Descomprima la descarga (consulte nuestra guía de descarga) y abra el .txt (23andMe, AncestryDNA) o el .csv (MyHeritage) en TextEdit, el Bloc de notas o un editor de código, no en Excel, que puede cambiar el formato de los valores.
2. Busque rs429358. Una línea de 23andMe tiene este aspecto: rs429358 19 45411941 CT, con el genotipo en un único campo de dos letras; una línea de AncestryDNA separa los alelos en dos columnas, C y T. Anote las letras y luego busque rs7412.
3. Lea la pareja en la tabla de arriba. Si una línea muestra -- (23andMe) o 0 0 (Ancestry), el chip no obtuvo lectura en esa posición (no-call) y el archivo no puede responder.

Nuestra guía para leer un archivo de datos de ADN en bruto explica las columnas, los ensamblajes y las posiciones sin lectura. Las etiquetas de chip de SNPedia sitúan ambos SNP en los chips v3 a v5 de 23andMe y en los chips v2 de Ancestry, así que un archivo de cualquiera de las dos empresas debería contenerlos.

Por qué un archivo de AncestryDNA puede mostrar rs429358 como TT para todo el mundo#

Existe un aviso de la comunidad, ya antiguo, de que los archivos de AncestryDNA leen mal rs429358. La página del genoset ε3/ε3 de SNPedia afirma que «los datos de Ancestry siempre indican rs429358 como (T;T), incluso para personas cuyos datos de otras fuentes indican que son (C;T)» (traducción nuestra), lo califica de problema de falsos negativos y advierte de que los genosets de APOE asignados a partir de datos de Ancestry, también por Promethease, serán erróneos para algunos usuarios que en realidad son ε3/ε4 o ε4/ε4 (SNPedia gs246, última edición el 4 de enero de 2018, consultado el 14 de octubre de 2026). No hemos encontrado ninguna declaración de Ancestry que lo confirme o lo corrija, ni lo hemos comprobado en un archivo de 2026, así que trátelo como un problema notificado. Si se confirma, el error va en un solo sentido: un TT de Ancestry puede ocultar ε4; un CT o un CC no es un falso positivo del mismo modo.

Una segunda advertencia es más reciente. Genetic Lifehacks informa de que los archivos en bruto de AncestryDNA cambiaron a principios de marzo de 2026 y ahora contienen muchas menos variantes (Genetic Lifehacks, fuente única, consultado el 14 de octubre de 2026). No sabemos si rs429358 y rs7412 sobrevivieron al cambio; si su archivo es posterior a marzo de 2026 y faltan esas líneas, ese es el motivo.

Si un resultado de APOE es importante para una decisión, un archivo de chip de consumo no es el lugar para zanjarla; una prueba de laboratorio clínico, solicitada e interpretada con un profesional de asesoramiento genético, sí lo es.

Qué significan las odds ratio en términos absolutos#

Una fila de GWAS indica una razón de posibilidades (odds ratio, OR), y una odds ratio no es una probabilidad. En el caso de APOE, las cifras son lo bastante grandes como para que merezca la pena traducirlas. En comparación con ε3/ε3, un amplio metaanálisis de 1997 en personas de ascendencia europea halló una odds ratio de alrededor de 3 para una copia de ε4 (ε3/ε4: 3,2) y de 12 a 15 para dos (ε4/ε4: 14,9), con efectos menores en personas de ascendencia africana e hispana (Farrer et al. 1997, resumido en Liu et al. 2013). Un análisis posterior de unos 7500 casos y 10 132 controles halló 3,6 y 14,5, y 0,56 para los portadores de ε2 (Genin et al., Molecular Psychiatry 2011); el propio artículo de 23andMe sobre su informe de alzhéimer usa las franjas «alrededor del triple» y «de ocho a 12 veces» (23andMe, 2 de diciembre de 2022, consultado el 14 de octubre de 2026).

Genin y sus colaboradores también convirtieron las odds en riesgo a lo largo de la vida hasta los 85 años:

Una copia de ε4 multiplica aproximadamente por tres un riesgo que parte de menos del 10 %, así que unos tres de cada cuatro portadores llegan a los 85 años sin la enfermedad. Con dos copias, la situación es otra: alrededor de la mitad están afectados a los 85 años, la edad media de inicio se adelanta de los 84 años en los no portadores a los 68 (Liu et al. 2013), y un estudio de 2024 con 3297 cerebros autopsiados y 10 039 participantes vivos halló biología de alzhéimer en casi todos los portadores ε4/ε4 hacia los 65 años, lo que llevó a sus autores a proponer la homocigosis de ε4 como una forma genética de la enfermedad (Fortea et al., Nature Medicine 2024). Entre el 40 % y el 65 % de las personas diagnosticadas de alzhéimer portan ε4 (alz.org), lo que también significa que un tercio o más no lo portan. Estas cifras proceden de cohortes mayoritariamente de ascendencia europea y describen grupos, no a usted.

Cómo lo muestra el informe de salud de Full Human#

Nuestro informe de salud (el informe de ejemplo muestra las mismas tablas) no imprime «ε3/ε4». Imprime las filas del GWAS Catalog con las que coincide su archivo, afección por afección, y por ahora no tiene ninguna sección sobre la enfermedad de Alzheimer: una afección solo se imprime cuando el informe tiene un texto para ella, y todavía no hay ninguno para la enfermedad de Alzheimer, aunque el catálogo tiene filas para ella. El catálogo de salud que incluimos (versión del 1 de junio de 2026) conserva una variante principal por región de 250 000 bases para cada afección. rs429358 aparece en 41 de sus filas, 22 de ellas en la enfermedad de Alzheimer, donde es la variante principal de la región de APOE, y las demás en afecciones como la diabetes tipo 2, la artrosis y la lesión cerebral. rs7412, a 138 bases de distancia, solo se conserva donde es ella misma la variante principal, en la enfermedad coronaria y los cálculos biliares; en la enfermedad de Alzheimer contaría dos veces la misma señal, así que no figura ahí.

En un informe, rs429358 se imprime en tres afecciones: Aneurisma de aorta abdominal (alelo de riesgo C, odds ratio 1,17 por copia, frecuencia 0,14, PubMed 32981348) e Infarto de miocardio (C, odds ratio 1,11, frecuencia 0,14, PubMed 33532862) en la sección Enfermedades cardiovasculares, y Enfermedad hepática esteatósica asociada a disfunción metabólica en la sección Trastornos endocrinos y metabólicos (C, odds ratio 0,88, frecuencia 0,16, PubMed 34535985 y otros; por debajo de 1, así que ahí cada copia de C va unida a unas posibilidades ligeramente más bajas). Cada fila muestra el rsID, su genotipo, el alelo de riesgo, sus copias de ese alelo, su frecuencia en la población, la odds ratio por copia y los identificadores de PubMed, como se explica en cómo leer el informe de salud. Para cada afección, de entre los estudios de esa afección sobre la variante que indican la frecuencia del alelo, el que estima el efecto con mayor precisión aporta a la fila su alelo y su efecto, tanto si usted porta ese alelo como si no. Un archivo ε3/ε4 (CT en rs429358) porta una copia de C y un archivo ε4/ε4 (CC), dos, así que ambos muestran estas filas; un archivo TT no tiene ninguna copia, así que no aparece ninguna fila de rs429358, y la variante sigue contando, por debajo de la media, en cada una de las tres afecciones.

Las filas de alzhéimer siguen siendo información del catálogo y no llegan a ningún PDF. La mayoría de los estudios de alzhéimer sobre rs429358 señalan C como alelo de riesgo, con odds ratio de entre 1,6 y 4,2 aproximadamente; un estudio de 2025 señala T (odds ratio 3,1) y otro indica cinco filas protectoras de T (de 0,42 a 0,61). El más preciso de los que indican una frecuencia alélica (PubMed 39129223) señala C con una odds ratio de 1,80, un intervalo de 1,78 a 1,81 y una frecuencia de 0,16. Las filas cuyo estudio no indicó ningún alelo de riesgo («?») no están en el catálogo.

La tendencia por afección («posibilidades más altas», «posibilidades más bajas» o «ninguna diferencia apreciable») suma, sobre las variantes de la afección que mide su archivo, sus copias de cada alelo de riesgo menos las de la persona media, multiplicadas por el logaritmo de la razón de posibilidades de la variante; la suma, convertida de nuevo en odds ratio, son sus posibilidades en relación con la persona media. Solo se da una tendencia cuando su archivo mide al menos un tercio de las variantes conocidas de la afección y al menos un tercio de esas variantes conocidas puede compararse con la persona media. Como detalla la página de metodología, el cálculo conserva una variante por región, toma un estudio por variante y no utiliza ningún riesgo de referencia absoluto: es una asociación, no una puntuación de riesgo poligénico clínica y no un diagnóstico. Las odds ratio de rs429358 en las tres afecciones en las que se imprime, de 0,88 a 1,17 por copia, son pequeñas al lado de las cifras de alzhéimer anteriores, y el informe no sirve para conocer sus posibilidades de alzhéimer; la tabla anterior de este artículo lee su genotipo APOE directamente del archivo. Si el resultado le importa, llévelo a un médico o a un profesional de asesoramiento genético. Nada sale de su dispositivo: el archivo se analiza en la pestaña del navegador y el PDF se genera ahí mismo, algo que puede comprobar usted mismo.

Preguntas frecuentes#

¿Analiza 23andMe el APOE4?

Sí, de dos maneras. El informe de riesgo genético de enfermedad de Alzheimer de inicio tardío de 23andMe, uno de los diez informes que la FDA autorizó el 6 de abril de 2017 (nota de prensa de 23andMe, consultado el 14 de octubre de 2026), indica la variante ε4 y solo se vende con el servicio de salud (Health) en ocho países. Por otra parte, el archivo en bruto que cualquier cliente puede descargar contiene rs429358 y rs7412, así que puede leer el estado usted mismo incluso con un kit solo de orígenes.

¿Cuál es el rsID de APOE?

Son dos. rs429358 (cromosoma 19, posición 45 411 941 en GRCh37) define ε4 cuando se lee C, y rs7412 (posición 45 412 079) define ε2 cuando se lee T. Ninguno de los dos por separado da su genotipo APOE; necesita ambos, leídos juntos en la tabla de este artículo. Buscar «APOE» en un archivo en bruto no encuentra nada, porque los archivos en bruto enumeran rsID, no nombres de genes.

¿Se puede tener APOE4 y no desarrollar nunca alzhéimer?

Sí, y la mayoría de las personas con una copia no lo desarrollan. En las estimaciones de riesgo a lo largo de la vida de Genin et al. 2011, alrededor del 23 % de los hombres y el 30 % de las mujeres con ε3/ε4 desarrollan alzhéimer a los 85 años, así que aproximadamente tres de cada cuatro no lo hacen. Dos copias conllevan un riesgo mucho mayor, alrededor de la mitad a los 85 años, pero ni siquiera así es una certeza. ε4 es un factor de riesgo, no una causa por sí solo.

¿Debería conocer mi estado de APOE?

Es una decisión personal y, para un adulto sano, hoy no hay ninguna prevención aprobada que dependa del resultado. El ensayo REVEAL observó que conocer el resultado con asesoramiento no causaba un malestar duradero de media, pero a las personas que ya tenían ansiedad les costó más. Si quiere saberlo, reciba primero asesoramiento genético, decida de antemano qué haría con cada resultado y recuerde que sus familiares comparten la respuesta.