APOE nei dati grezzi del DNA di 23andMe o AncestryDNA: come leggere rs429358 e rs7412

Il Suo file di dati grezzi del DNA di 23andMe o AncestryDNA contiene le due varianti che definiscono lo stato di APOE, rs429358 e rs7412, che Lei abbia acquistato o meno un report sulla salute. Cerchi i due rsID nel file, legga la coppia nella tabella qui sotto e avrà il Suo genotipo ε2/ε3/ε4. Prima di farlo, legga il paragrafo seguente: è un risultato che molte persone vorrebbero non aver mai cercato.

Prima di guardare. Questo risultato cambia il modo in cui le persone vedono il proprio futuro, non si può dimenticare e dice qualcosa anche sui Suoi genitori, fratelli, sorelle e figli, che condividono i Suoi alleli. La posizione dell'Alzheimer's Association è che chiunque stia valutando un test genetico «dovrebbe ricevere una consulenza genetica prima che il test venga prescritto» (alz.org, consultato il 14 ottobre 2026). Nello studio REVEAL, 162 figli adulti di pazienti con Alzheimer sono stati randomizzati e 111 di loro hanno conosciuto il proprio risultato APOE con una consulenza: in media non è seguita alcuna ansia o depressione significativa a breve termine, ma chi era già in difficoltà prima del test ha faticato di più (Green et al., NEJM 2009). Se pensa che potrebbe essere il Suo caso, parli prima con un consulente genetico. Il file sarà ancora lì il mese prossimo.

Che cosa sono APOE ε2, ε3 ed ε4#

APOE è un gene del cromosoma 19 che codifica l'apolipoproteina E, una proteina che trasporta il colesterolo nel sangue e nel cervello. Esiste in tre alleli comuni: ε2, ε3 ed ε4. Nel mondo, circa l'8% degli alleli è ε2, il 78% ε3 e il 14% ε4 (Liu et al., Nature Reviews Neurology 2013). Lei ne porta due, uno da ciascun genitore, quindi il Suo genotipo è una coppia come ε3/ε3, ε3/ε4 o ε4/ε4.

ε4 è il fattore di rischio genetico comune più forte per la malattia di Alzheimer a esordio tardivo; gli studi riportano anche associazioni con un colesterolo LDL più alto e con la cardiopatia coronarica, ed è per questo che compare in diverse categorie di un report basato sui GWAS. ε2 è associato a un rischio di Alzheimer più basso e a un LDL più basso. Niente di tutto questo dice se Lei svilupperà una malattia; la sezione sugli odds ratio, più avanti, dice di quanto sposta l'odds.

I due SNP: rs429358 e rs7412#

I tre alleli differiscono in due posizioni, a 138 basi di distanza:

• rs429358: cromosoma 19, posizione 45.411.941 sulla build GRCh37, quella usata dai file di 23andMe e AncestryDNA. La base di riferimento è T; C definisce ε4 (Ensembl GRCh37, SNPedia rs429358, consultato il 14 ottobre 2026).
• rs7412: cromosoma 19, posizione 45.412.079 su GRCh37. La base di riferimento è C; T definisce ε2 (Ensembl GRCh37, SNPedia rs7412).

La tabella usa le lettere esattamente come le riporta un file di 23andMe: 23andMe indica ogni genotipo sul filamento positivo di GRCh37 (lo dice l'intestazione del suo file, e la pagina di SNPedia sull'orientamento dice lo stesso), entrambi gli SNP sono varianti del filamento positivo in dbSNP, quindi non c'è nulla da invertire, e le due lettere di una lettura sono riportate in ordine alfabetico, quindi troverà CT e non TC.

La corrispondenza è quella della tabella dei genoset APOE di SNPedia; la frequenza di ε3/ε3 viene dalla sua pagina gs246, e i dati su ε4 seguono le stime dell'Alzheimer's Association per gli Stati Uniti, secondo cui il 20–30% delle persone porta una o due copie e circa il 2% ne porta due (alz.org, consultato il 14 ottobre 2026). La riga CT/CT è un limite dei dati da chip: un chip non può stabilire se le due letture eterozigoti si trovano sullo stesso cromosoma o su cromosomi opposti.

Come trovarli nel Suo file senza caricarlo#

Tre passaggi, senza bisogno di alcun sito web:

1. Apra il file in un semplice editor di testo. Decomprima il download (veda la nostra guida al download) e apra il .txt (23andMe, AncestryDNA) o il .csv (MyHeritage) con TextEdit, Blocco note o un editor di codice, non con Excel, che può riformattare i valori.
2. Cerchi rs429358. Una riga di 23andMe ha questo aspetto: rs429358 19 45411941 CT, con il genotipo in un unico campo di due lettere; una riga di AncestryDNA divide gli alleli in due colonne, C e T. Annoti le lettere, poi cerchi rs7412.
3. Legga la coppia nella tabella qui sopra. Se una riga mostra -- (23andMe) o 0 0 (Ancestry), il chip non ha letto quella posizione (no-call) e il file non può dare una risposta.

La nostra guida per leggere un file di dati grezzi del DNA spiega le colonne, le build e i no-call. Le etichette dei chip di SNPedia elencano entrambi gli SNP sui chip da v3 a v5 di 23andMe e sui chip v2 di Ancestry, quindi un file di una delle due aziende dovrebbe contenerli.

Perché un file AncestryDNA può mostrare rs429358 come TT per tutti#

Da tempo circola una segnalazione della comunità secondo cui i file AncestryDNA leggono male rs429358. La pagina del genoset di SNPedia per ε3/ε3 afferma che «i dati Ancestry riportano sempre rs429358 come (T;T), anche per persone i cui dati di altre fonti indicano che sono (C;T)» (traduzione nostra), parla di un problema di falsi negativi e avverte che i genoset APOE assegnati a partire da dati Ancestry, anche da Promethease, saranno sbagliati per alcuni utenti che in realtà sono ε3/ε4 o ε4/ε4 (SNPedia gs246, ultima modifica il 4 gennaio 2018, consultato il 14 ottobre 2026). Non abbiamo trovato alcuna dichiarazione di Ancestry che lo confermi o lo corregga e non l'abbiamo verificato su un file del 2026, quindi lo consideri un problema segnalato. Se è confermato, l'errore va in una sola direzione: un TT di Ancestry può nascondere ε4; un CT o un CC non è un falso positivo allo stesso modo.

Una seconda avvertenza è più recente. Genetic Lifehacks riferisce che i file di dati grezzi di AncestryDNA sono cambiati all'inizio di marzo 2026 e ora contengono molte meno varianti (Genetic Lifehacks, fonte unica, consultato il 14 ottobre 2026). Non sappiamo se rs429358 e rs7412 siano sopravvissute al cambiamento; se il Suo file è successivo a marzo 2026 e le righe mancano, il motivo è questo.

Se un risultato APOE conta per una decisione, un file di un chip dei test commerciali non è il posto giusto per stabilirlo; lo è un test di laboratorio clinico, prescritto e interpretato con un consulente genetico.

Che cosa significano gli odds ratio in termini assoluti#

Una riga GWAS riporta un odds ratio, e un odds ratio non è una probabilità. Per APOE i numeri sono abbastanza grandi da meritare una traduzione. Rispetto a ε3/ε3, un'ampia meta-analisi del 1997 su persone di origine europea ha trovato un odds ratio di circa 3 per una copia di ε4 (ε3/ε4: 3,2) e da 12 a 15 per due (ε4/ε4: 14,9), con effetti minori nelle persone di origine africana e ispanica (Farrer et al. 1997, sintetizzato in Liu et al. 2013). Un'analisi successiva su circa 7.500 casi e 10.132 controlli ha trovato 3,6 e 14,5, e 0,56 per i portatori di ε2 (Genin et al., Molecular Psychiatry 2011); l'articolo di 23andMe sul proprio report sull'Alzheimer usa le fasce «circa tre volte» e «da otto a 12 volte» (23andMe, 2 dicembre 2022, consultato il 14 ottobre 2026).

Genin e colleghi hanno anche convertito gli odds nel rischio nell'arco della vita entro gli 85 anni:

Una copia di ε4 triplica all'incirca un rischio che parte da meno del 10%, quindi circa tre portatori su quattro arrivano a 85 anni senza la malattia. Con due copie la situazione è diversa: circa la metà si ammala entro gli 85 anni, l'età media di esordio passa da 84 anni nei non portatori a 68 (Liu et al. 2013), e uno studio del 2024 su 3.297 cervelli esaminati in autopsia e 10.039 partecipanti viventi ha trovato la biologia dell'Alzheimer in quasi tutti i portatori ε4/ε4 già intorno ai 65 anni, portando gli autori a proporre l'omozigosi per ε4 come una forma genetica della malattia (Fortea et al., Nature Medicine 2024). Tra il 40% e il 65% delle persone con diagnosi di Alzheimer porta ε4 (alz.org), il che significa anche che un terzo o più non lo porta. Questi dati provengono da coorti in prevalenza di origine europea e descrivono gruppi, non Lei.

Come lo mostra il report sulla salute di Full Human#

Il nostro report sulla salute (il report di esempio mostra le stesse tabelle) non scrive «ε3/ε4». Riporta le righe del GWAS Catalog che corrispondono al Suo file, patologia per patologia, e al momento non ha una sezione sulla malattia di Alzheimer: una patologia viene riportata solo quando il report ha un testo per essa, e per la malattia di Alzheimer non ce n'è ancora uno, anche se il catalogo ha delle righe che la riguardano. Il catalogo sulla salute che distribuiamo (versione 2026-06-01) mantiene una variante principale per ogni regione di 250.000 basi per ciascuna patologia. rs429358 compare in 41 delle sue righe, 22 delle quali sotto la malattia di Alzheimer, dove è la variante principale nella regione di APOE, e le altre sotto patologie come il diabete di tipo 2, l'artrosi e le lesioni cerebrali. rs7412, a 138 basi di distanza, viene mantenuta solo dove è essa stessa la variante principale, sotto la cardiopatia coronarica e i calcoli biliari; sotto la malattia di Alzheimer conterebbe due volte lo stesso segnale, quindi lì non è elencata.

In un report, rs429358 compare sotto tre patologie: Aneurisma dell'aorta addominale (allele di rischio C, odds ratio 1,17 per copia, frequenza 0,14, PubMed 32981348) e Infarto miocardico (C, odds ratio 1,11, frequenza 0,14, PubMed 33532862) nella sezione Malattie cardiovascolari, e Malattia epatica steatosica associata a disfunzione metabolica nella sezione Disturbi endocrini e metabolici (C, odds ratio 0,88, frequenza 0,16, PubMed 34535985 e altri; inferiore a 1, quindi lì ogni copia di C va di pari passo con un odds leggermente più basso). Ogni riga mostra l'rsID, il Suo genotipo, l'allele di rischio, le Sue copie di quell'allele, la sua frequenza nella popolazione, l'odds ratio per copia e gli identificativi PubMed, come spiegato in come leggere il report sulla salute. Per ciascuna patologia, tra gli studi della patologia su questa variante che indicano la frequenza dell'allele, quello con la stima più precisa fornisce alla riga l'allele e l'effetto, scelti indipendentemente dal fatto che Lei porti o no quell'allele. Un file ε3/ε4 (CT in rs429358) porta una copia di C e un file ε4/ε4 (CC) due, quindi entrambi mostrano queste righe; un file TT non ha alcuna copia, quindi non è elencata alcuna riga rs429358, e la variante conta comunque, al di sotto della media, in ciascuna delle tre patologie.

Le righe sull'Alzheimer restano un'informazione del catalogo e non arrivano in un PDF. La maggior parte degli studi sull'Alzheimer relativi a rs429358 indica C come allele di rischio, con odds ratio tra circa 1,6 e 4,2; uno studio del 2025 indica T (odds ratio 3,1) e un altro riporta cinque righe T protettive (da 0,42 a 0,61). Il più preciso tra quelli che indicano una frequenza allelica (PubMed 39129223) riporta C con un odds ratio di 1,80, un intervallo da 1,78 a 1,81 e una frequenza di 0,16. Le righe il cui studio non ha indicato alcun allele di rischio («?») non sono nel catalogo.

La tendenza per patologia («odds più alto», «odds più basso» o «nessuna differenza rilevante») somma, sulle varianti della patologia misurate dal Suo file, le Sue copie di ciascun allele di rischio meno quelle della persona media, moltiplicate per il logaritmo dell'odds ratio della variante; la somma, riconvertita in odds ratio, è il Suo odds rispetto alla persona media. Una tendenza viene indicata solo quando il Suo file misura almeno un terzo delle varianti note della patologia e almeno un terzo di queste varianti note può essere confrontato con la persona media. Come spiega nel dettaglio la pagina sulla metodologia, il metodo mantiene una variante per regione, prende uno studio per variante e non usa alcun rischio di base assoluto: è un'associazione, non un punteggio di rischio poligenico clinico e non una diagnosi. Gli odds ratio di rs429358 nelle tre patologie in cui compare, da 0,88 a 1,17 per copia, sono piccoli rispetto ai dati sull'Alzheimer riportati sopra, e il report non è un modo per conoscere il Suo odds di Alzheimer; la tabella all'inizio di questo articolo legge il Suo genotipo APOE direttamente dal file. Se il risultato è importante per Lei, lo porti a un medico o a un consulente genetico. Nulla lascia il Suo dispositivo: il file viene analizzato nella scheda del Suo browser e il PDF viene creato lì, cosa che può verificare da sé.

Domande frequenti#

23andMe analizza APOE4?

Sì, in due modi. Il report Genetic Health Risk di 23andMe sulla malattia di Alzheimer a esordio tardivo, uno dei dieci report autorizzati dalla FDA il 6 aprile 2017 (comunicato stampa di 23andMe, consultato il 14 ottobre 2026), riporta la variante ε4 ed è venduto solo con il servizio Health in otto paesi. Inoltre, il file di dati grezzi che ogni cliente può scaricare contiene rs429358 e rs7412, quindi può leggere lo stato da sé anche con un kit solo per le origini.

Qual è l'rsID di APOE?

Sono due. rs429358 (cromosoma 19, posizione 45.411.941 su GRCh37) definisce ε4 quando si legge C, e rs7412 (posizione 45.412.079) definisce ε2 quando si legge T. Nessuno dei due da solo dà il Suo genotipo APOE; servono entrambi, letti insieme nella tabella di questo articolo. Cercare «APOE» in un file di dati grezzi non dà alcun risultato, perché i file di dati grezzi elencano rsID, non nomi di geni.

Si può avere APOE4 e non sviluppare mai l'Alzheimer?

Sì, e la maggior parte delle persone con una copia non lo sviluppa. Nelle stime del rischio nell'arco della vita di Genin et al. 2011, circa il 23% degli uomini e il 30% delle donne con ε3/ε4 sviluppa l'Alzheimer entro gli 85 anni, quindi circa tre su quattro no. Due copie comportano un rischio molto più alto, circa la metà entro gli 85 anni, ma anche in quel caso non è una certezza. ε4 è un fattore di rischio, non una causa di per sé.

Conviene conoscere il proprio stato APOE?

È una decisione personale, e per un adulto sano oggi nessuna prevenzione approvata dipende dal risultato. Lo studio REVEAL ha rilevato che conoscere il risultato con una consulenza non causava, in media, un disagio duraturo, ma le persone già ansiose facevano più fatica. Se vuole saperlo, si rivolga prima a una consulenza genetica, decida in anticipo che cosa farebbe con ciascun risultato e tenga presente che i Suoi familiari condividono la risposta.