Come è costruito il report.

01Da dove provengono i dati

I report si basano sul NHGRI-EBI GWAS Catalog, la raccolta pubblica e curata di studi di associazione sull'intero genoma gestita da EMBL-EBI. Usiamo la versione 2026-06-01 (dbSNP 156, build del genoma GRCh38.p14). Un flusso di lavoro pianificato verifica la presenza di nuove versioni, ricostruisce i nostri cataloghi e li integra nel generatore dopo una revisione, per cui la versione in uso può essere indietro di qualche settimana rispetto alla più recente. Questa pagina mostra la versione attualmente in uso.

02Quali associazioni vengono tenute

Tra oltre un milione di righe del catalogo teniamo le associazioni che rispettano tutte queste regole:

• Significatività a livello dell'intero genoma: un valore p riportato inferiore a 5 × 10⁻⁸.
• Una dimensione dell'effetto di tipo definito: per il catalogo della salute un odds ratio; per il catalogo nutrizionale un coefficiente beta o un odds ratio con una direzione indicata. Le righe il cui effetto non può essere letto in questo modo vengono scartate.
• Un intervallo di confidenza plausibile (catalogo della salute): le righe il cui intervallo copre più di un fattore 3 vengono scartate.
• Un allele di rischio di una sola base (A, C, G, T, oppure un'inserzione o una delezione indicata con I o D) che un chip dei test commerciali può riportare; le righe con un allele sconosciuto o di più basi vengono scartate.
• Una variante principale per regione: all'interno di ogni tratto, una variante entro 250.000 basi da una variante tenuta e associata più fortemente viene scartata come lo stesso segnale, così le varianti vicine non vengono contate due volte. I tratti ricondotti a una malattia nell'ontologia MONDO formano il catalogo della salute: 12.110 associazioni principali, 409 tratti del catalogo, 1020 studi; il report riunisce i tratti che condividono lo stesso testo di patologia. I tratti legati alla nutrizione (vitamine, minerali, acidi grassi, abitudini nel mangiare e nel bere) formano un catalogo nutrizionale separato per le 27 voci del report nutrizionale: 305 varianti principali indipendenti e 311 varianti vicine della stessa voce che possono essere lette al posto di una variante principale assente dal file, entrambe contate per voce come nell'appendice sui metodi del report, da 67 studi.

03Come viene letto il Suo file

Il generatore accetta il file di dati grezzi esportato da 23andMe, AncestryDNA, MyHeritage, FamilyTreeDNA, Living DNA e WeGene (.txt, .csv o .zip). Legge il file nella memoria del Suo browser, prende da ogni riga l'rsID e il genotipo e ignora i no-call. Gli archivi vengono decompressi sul Suo dispositivo. Nulla viene inviato a un server.

04Come viene abbinata una variante

Una variante conta per una patologia quando il Suo file contiene il suo rsID con una lettura. Per ogni variante, lo studio scelto per quella patologia fornisce l'allele effetto, l'effetto per copia e la frequenza dell'allele nella popolazione; viene scelto tra gli studi di quella patologia sulla variante, che Lei porti o meno il suo allele, in modo che tutti siano valutati rispetto allo stesso allele. La Sua lettura viene contata sul filamento del DNA a cui corrisponde, stabilito in base all'altro allele della variante quando il catalogo lo indica e, in caso contrario, in base alle basi della lettura stessa; una lettura che non può essere collocata su nessuno dei due filamenti non viene conteggiata. Le Sue copie dell'allele vengono contate: 0, 1 o 2. Le varianti in cui porta almeno una copia sono elencate nella tabella; quelle in cui non ne porta nessuna non sono elencate ma contano comunque, al di sotto della persona media per quella variante.

05Come si calcola l'effetto per variante

Spesso più studi riportano la stessa variante. Il report non ne fa la media: tra gli studi di quella patologia che indicano la frequenza dell'allele nella popolazione (direttamente o tramite un altro studio dello stesso allele), sceglie quello con l'intervallo di confidenza più stretto, rapportato alla dimensione dell'effetto quando si può combinare solo la direzione degli effetti. Riporta l'effetto per copia di quello studio nella colonna «Effetto per copia», accanto alla frequenza dell'allele e agli identificativi PubMed di tutti gli studi di quella patologia che riportano la variante. Una variante senza un effetto utilizzabile, senza frequenza o senza una lettura compatibile con i suoi alleli viene elencata come «non conteggiata».

06Come si calcola la tendenza per patologia

Ogni patologia indica innanzitutto la sua copertura: quante varianti indipendenti il catalogo conosce per essa, quante ne misura il Suo file e quante di queste è stato possibile confrontare con la persona media. Una tendenza viene indicata solo quando almeno un terzo delle varianti note è misurato e almeno un terzo può essere confrontato; altrimenti la patologia risulta non valutabile o non confrontabile, perché le varianti escluse potrebbero indicare l'una o l'altra direzione. Quando viene indicata, ogni variante confrontata conta con le Sue copie dell'allele effetto meno le copie portate dalla persona media (il doppio della frequenza dell'allele nella popolazione), moltiplicate per il logaritmo dell'odds ratio della variante; la somma, riconvertita in odds ratio, è il Suo odds rispetto alla persona media: un valore pari o superiore a 1,20 viene indicato come odds più alto, un valore pari o inferiore a 0,83 come odds più basso e qualsiasi valore intermedio come nessuna differenza rilevante. Il report nutrizionale applica una regola più rigorosa, descritta nella sua sezione più avanti. Si tratta di un'aggregazione volutamente semplice e trasparente, non di un punteggio di rischio poligenico clinico. In particolare:

• confronta Lei con la persona media della popolazione dello studio, di solito di origine europea, e non usa alcun rischio di riferimento assoluto, per cui «odds più alto» non dice nulla sulla probabilità assoluta;
• tiene una variante principale per regione, ma non modella in modo più fine il linkage tra varianti;
• usa uno studio per variante invece di una meta-analisi tra studi e non pondera in base alla dimensione del campione;
• colloca una lettura sul suo filamento del DNA in base all'altro allele della variante quando il catalogo lo indica (circa un quarto delle varianti) e, in caso contrario, in base alle basi della lettura stessa; una lettura che contiene l'allele effetto viene interpretata così com'è, il che è errato per una variante A/T o C/G riportata sul filamento opposto, e una lettura composta solo dalla base complementare non viene conteggiata. Le varianti del cromosoma X di un uomo vengono confrontate con il valore di una sola copia quando il suo file mostra una sola base, ma alcuni servizi scrivono la base due volte, e queste letture contano come due copie.

07Il report nutrizionale

Il report nutrizionale copre 27 livelli di nutrienti e abitudini alimentari con una regola più rigorosa. Per ogni nutriente usiamo fino a 20 dei risultati indipendenti più solidi del GWAS Catalog, confrontiamo gli alleli che Lei porta in ciascuno con la persona media di origine europea e indichiamo una tendenza leggermente più alta o più bassa solo quando almeno un terzo di questi risultati, e almeno tre varianti, sono misurati nel Suo file e il Suo totale si discosta da quella media di più di una deviazione standard, il che avviene per circa una persona su tre.

• Prima di scegliere i risultati più solidi, vengono rimosse le varianti rare nelle persone di origine europea (sotto l'1% in 1000 Genomes) e le varianti A/T e C/G con filamento ambiguo, e i risultati a meno di 250.000 basi l'uno dall'altro contano una sola volta. Quando il Suo file non contiene la variante di un risultato, una variante della stessa voce significativa a livello dell'intero genoma ed entro 50.000 basi può fungere da sostituto, valutata con il proprio studio.
• La persona media è calcolata dalle frequenze alleliche di 1000 Genomes per le persone di origine europea, ricorrendo in mancanza alla frequenza riportata dallo studio. Una voce con meno di tre varianti misurate non riceve alcuna tendenza; le sue varianti misurate sono elencate con i rispettivi effetti. Un livello più alto non è di per sé migliore.
• Schede gene: 24 singole varianti o piccoli gruppi con solide evidenze pubblicate, come la persistenza della lattasi, i tipi HLA associati alla celiachia, l'accumulo di ferro legato a HFE, MTHFR C677T, ALDH2 e ADH1B per l'alcol e il gusto amaro. Ognuna è letta con regole fisse tratte dai propri studi, non con il punteggio GWAS, e riporta il Suo genotipo, che cosa hanno trovato gli studi e le sue fonti; le schede su temi medici precisano che non sono una diagnosi. I marcatori palindromici vengono letti solo quando il filamento del file può essere confermato.
• Affermazioni escluse: 34 affermazioni su geni e nutrizione diffuse altrove, come i «tipi» di metabolizzatore della caffeina CYP1A2, VDR, MTHFR A1298C o i tipi di dieta FTO, sono elencate in un'appendice con il motivo e gli studi, e non vengono conteggiate.
• Le varianti note soprattutto per malattie ereditarie, come quelle di APOE, SERPINA1 o F5, non vengono mai conteggiate né mostrate nel report nutrizionale. HFE C282Y e H63D, MTHFR C677T e i marcatori HLA associati alla celiachia vengono letti solo nelle rispettive schede gene, non nelle tabelle delle varianti.

08Categorie

Le patologie sono raggruppate in 17 categorie tramite la mappatura sulle ontologie EFO e MONDO del catalogo. Il report completo sulla salute contiene ogni categoria con almeno una patologia che il catalogo può valutare per il Suo sesso (la categoria Genetiche e metaboliche al momento non ne ha nessuna, e Ostetricia e ginecologia e Apparato riproduttivo riguardano le donne). Le categorie non sono vendute come report separati, perché da sola una categoria può contenere troppo poche patologie misurate da un file.

09Che cosa è escluso di proposito

Il report non interpreta:

• la farmacogenomica (risposta ai farmaci): le schede sulla caffeina e sulla vitamina E del report nutrizionale descrivono i livelli di caffeina nel sangue e la degradazione della vitamina E, non il funzionamento dei farmaci;
• lo stato di portatore o le varianti patogene rare, comprese le varianti clinicamente azionabili come quelle di BRCA1 e BRCA2. I chip dei test commerciali e le associazioni GWAS non sono lo strumento adatto. Le schede gene del report nutrizionale leggono invece alcune varianti comuni e ben studiate, tra cui HFE C282Y e H63D, e mai come una diagnosi;
• origini, parentela o tratti dell'aspetto fisico;
• le varianti di geni candidati discusse online, come COMT, o CYP1A2 rs762551 come «tipo» di metabolizzatore della caffeina, che non hanno mai raggiunto la significatività a livello dell'intero genoma o non sono state confermate da grandi studi. Il report nutrizionale elenca queste affermazioni in un'appendice, con il motivo per cui sono escluse. Le sue schede gene usano solo varianti con solide evidenze pubblicate, come le varianti CYP1A1–CYP1A2 e AHR associate ai livelli di caffeina, e MTHFR C677T, presentata nel contesto di folato e omocisteina anziché conteggiata.

10Limiti noti

Legga il report tenendo presente quanto segue:

• Un chip dei test commerciali misura qualche centinaio di migliaia di posizioni. Un file tipico contiene circa un quarto delle varianti principali del catalogo, per cui molte patologie risultano non valutabili; le patologie senza alcuna variante misurata vengono elencate con la loro copertura anziché essere omesse.
• La maggior parte dei partecipanti agli studi GWAS è di origine europea; gli effetti si applicano in modo imperfetto ad altre origini.
• Un'associazione è un segnale statistico in una popolazione di studio, non una causa e non una diagnosi. Gli effetti inferiori a circa 1,3 sono deboli.
• I servizi usano chip e versioni di chip diversi; due file di due servizi possono dare report diversi per la stessa persona.
• Il report è a scopo informativo e non sostituisce la consulenza genetica né un parere medico.

11Versioni

Questa pagina mostra la versione del catalogo che il generatore usa attualmente. I report generati da versioni diverse possono differire, man mano che vengono aggiunti o rivisti degli studi; conservi la data di generazione insieme al PDF se in seguito vuole fare un confronto.

12Architettura della privacy

L'analisi e la creazione del PDF avvengono interamente nel Suo browser: Rust compilato in WebAssembly, con il PDF impaginato da Typst. Durante la generazione la pagina invia una richiesta che riserva un credito (tipo di report e conferma del consenso), una che lo conclude e un evento per le statistiche d'uso; mai il Suo file. I dettagli, e un modo per verificarlo da sé, si trovano nella pagina «Come proteggiamo il Suo DNA».

13Citazioni e correzioni

Se usa il catalogo o i report nel Suo lavoro, citi il GWAS Catalog. Se nota un errore in questa pagina o nel metodo di un report, scriva a support@full-human.com.

Cerezo M. et al. The NHGRI-EBI GWAS Catalog: standards for reusability, sustainability and diversity. Nucleic Acids Research, 2025. doi:10.1093/nar/gkae1070

I report sono a scopo informativo e non costituiscono un parere medico.