Come leggere un report sulla salute dal DNA: SNP, genotipo, allele di rischio, odds ratio e tendenza

Un report sulla salute dal DNA è un insieme di tabelle. Ogni riga indica una variante (lo SNP), i due alleli che Lei porta (il Suo genotipo), l'allele che uno studio ha associato alla patologia (l'allele di rischio), l'entità di questa associazione (un odds ratio; un beta in un report nutrizionale) e gli studi su cui si basa. Quando il Suo file misura abbastanza varianti di una patologia, questa riceve poi una tendenza rispetto alla persona media. Questa guida legge una riga reale, poi spiega la tendenza e i suoi limiti.

Le sette colonne#

In un report sulla salute di Full Human, una patologia ha una tabella solo se Lei porta almeno una copia dell'allele di rischio in una variante misurata, e ogni tabella di questo tipo ha le stesse sette intestazioni. Il report di esempio mostra l'impaginazione su alcune pagine di un report completo.

Una variante conta per una patologia quando il Suo file contiene il suo rsID con una lettura. La lettura viene contata sul filamento del DNA a cui corrisponde, stabilito in base all'altro allele della variante quando il catalogo lo indica (circa un quarto delle varianti) e altrimenti in base alle basi della lettura stessa: una lettura che contiene l'allele di rischio viene letta così com'è; una lettura che contiene la base complementare dell'allele di rischio insieme a un'altra base viene letta sull'altro filamento; una lettura composta solo dalla base complementare non può essere collocata e non viene conteggiata; una lettura che non contiene nessuna delle due basi non ha alcuna copia. La tabella elenca le varianti in cui Lei porta una o due copie dell'allele di rischio; le varianti in cui non ne porta nessuna non sono elencate, ma contano comunque per la tendenza, al di sotto della persona media per quella variante. Queste regole sono descritte per esteso nella pagina sulla metodologia.

Un esempio pratico: una riga della tabella della rinite allergica#

Prendiamo rs10995245, che il catalogo riporta per diversi tratti, in un file il cui genotipo in quella posizione è AA.

La legga da sinistra a destra.

• rs10995245 è la posizione. La stessa riga si trova nel Suo file grezzo; la nostra guida per leggere un file di dati grezzi del DNA mostra come cercare un rsID.
• AA significa che entrambe le copie sono A, e 2 è il numero che il report conta.
• A è l'allele che Johansson et al. 2019 ha associato alla rinite allergica, all'interno di un fenotipo combinato di asma, febbre da fieno ed eczema. Con un genotipo GG la riga non comparirebbe nella tabella, ma la variante conterebbe comunque: nessuna copia di un allele con una frequenza di 0,35 è al di sotto della media.
• 0.35 è la frequenza di A nella popolazione di quello studio (0,3471 nel catalogo). La persona media porta 0,69 copie, quindi due copie sono 1,31 copie sopra la media.
• OR 1.03 è l'odds ratio per copia dello stesso studio (1,035 nel catalogo). Il catalogo riporta rs10995245 anche per la narcolessia (Han et al. 2013, OR 1,23) e per l'asma (Ferreira et al. 2019, OR 1,04); questi studi restano fuori da questa tabella, e al momento né la narcolessia né l'asma hanno una sezione nel report. Una versione precedente del report faceva la media di tutti e tre in un unico effetto sotto la rinite allergica; ora non lo fa più.
• L'ID PubMed è un link nel PDF. Apre l'abstract, così può verificare la dimensione del campione, la popolazione e il tratto esatto studiato.

Che cosa significa un odds ratio di 1,03

Un odds ratio confronta odds, non probabilità. OR 1,03 dice che, nella popolazione dello studio, l'odds della patologia aumentava di circa il 3% per ogni copia dell'allele A. Non significa una probabilità del 3% di avere la rinite allergica, e non aggiunge tre punti percentuali a nulla.

Per tradurlo in numero di persone serve un rischio di base, che il report non contiene. A puro titolo illustrativo: se una patologia colpisse 20 persone su 100, l'odds sarebbe di 20 a 80, cioè 0,25. Moltiplicato per 1,035 diventa 0,259, cioè circa 20,6 persone su 100. Una copia con OR 1,03 sposta un rischio di base del 20% di circa mezza persona su cento; su un rischio di base dell'1% aggiunge circa una persona su tremila. La maggior parte delle righe si colloca tra 0,9 e 1,3, e la pagina sulla metodologia definisce deboli gli effetti inferiori a circa 1,3.

Beta e odds ratio a confronto#

Nei nostri due report la colonna dell'effetto contiene due tipi di numeri, e non sono intercambiabili.

• Un odds ratio si usa quando l'esito è sì o no: una persona ha la patologia oppure no. Un valore di 1,0 significa nessuna associazione; sopra 1 l'allele aumenta l'odds, sotto 1 lo riduce. Gli odds ratio si combinano moltiplicandoli, il che equivale a sommarne i logaritmi; il report somma i logaritmi degli odds ratio, ciascuno ponderato per le Sue copie sopra o sotto quelle della persona media.
• Un beta si usa quando l'esito è misurato su una scala, come un livello nel sangue. È la variazione di quella misura per copia dell'allele, nelle unità proprie dello studio, con un segno: positivo aumenta il valore, negativo lo riduce. I beta di studi diversi sono espressi in unità diverse, quindi il report nutrizionale conta solo la direzione di ciascun effetto e confronta il Suo totale con la dispersione attesa intorno alla media.

Il report sulla salute conserva solo gli odds ratio, quindi ogni sua riga è un odds ratio; i beta compaiono solo nel report nutrizionale, per livelli misurati come la vitamina D. Un beta di 0,05 per un livello nel sangue non dice nulla su un odds ratio di 1,05 per una malattia.

Come si calcola la tendenza#

Ogni patologia ha un paragrafo Analisi sopra la sua tabella: una frase sulla copertura (quante varianti conosce il catalogo, quante ne misura il Suo file, quante hanno potuto essere confrontate con la persona media) e una frase con la tendenza, che compare anche nella tabella di sintesi all'inizio del PDF con una di queste diciture: Odds più alto, Odds più basso, Nessuna differenza rilevante, Non confrontabile o Non valutabile. Il metodo è volutamente semplice, e la pagina sulla metodologia lo pubblica per intero.

1. Uno studio per variante. Tra gli studi del catalogo su questa patologia per una variante che riportano la frequenza dell'allele nella popolazione (direttamente o tramite un altro studio dello stesso allele), quello con la stima più precisa (l'intervallo di confidenza più stretto) fornisce l'allele di rischio, l'effetto per copia e la frequenza dell'allele nella popolazione, che Lei porti o no quell'allele. Non si fa alcuna media.
2. Confronto con la persona media. Ogni variante misurata conta con le Sue copie dell'allele di rischio meno le copie che porta la persona media, cioè il doppio della frequenza (una volta sola sul cromosoma X di un uomo, quando il file mostra una sola base). Due copie di un allele con una frequenza nella popolazione di 0,5 sono una copia in più della media; nessuna copia è una copia in meno.
3. Combinazione e soglie. Queste copie centrate vengono moltiplicate per il logaritmo dell'odds ratio di ciascuna variante e sommate; la somma, riconvertita in odds ratio, è il Suo odds rispetto alla persona media: 1,20 o più viene stampato come odds più alto, 0,83 o meno come odds più basso, qualsiasi valore intermedio come nessuna differenza rilevante. Una persona con un genotipo medio in ogni variante ottiene 1,00, qualunque sia il numero di varianti della patologia.
4. Copertura. Una tendenza viene indicata solo quando il Suo file misura almeno un terzo delle varianti indipendenti che il catalogo conosce per la patologia e almeno un terzo di queste varianti note può essere confrontato con la persona media (ciascuna richiede una frequenza nella popolazione, un effetto sulla scala della patologia e una lettura che corrisponda al filamento); altrimenti la patologia viene stampata come non valutabile (meno di un terzo delle varianti note misurate) o non confrontabile (meno di un terzo delle varianti note confrontate), e le varianti che Lei porta vengono comunque elencate.

Che cosa il metodo lascia fuori, per scelta:

• Per ogni patologia si conserva una variante principale per regione di 250.000 basi, ma il linkage più fine tra varianti non viene modellato.
• Non entra alcun rischio di base assoluto, quindi un odds più alto non dice nulla sulla probabilità assoluta.
• Si prende uno studio per variante anziché una meta-analisi, e gli studi non sono ponderati per dimensione del campione.
• La persona media è quella della popolazione dello studio, di solito di origine europea; il confronto si trasferisce in modo imperfetto ad altre origini.
• Il filamento viene stabilito in base all'altro allele della variante solo quando il catalogo lo indica, per circa un quarto delle varianti; per le altre viene stabilito in base alle basi della lettura stessa, quindi una lettura composta solo dalla base complementare dell'allele di rischio non viene conteggiata, e una variante A/T o C/G riportata sul filamento opposto può essere letta in modo errato.

Si tratta di un'aggregazione trasparente di effetti pubblicati, non di un punteggio di rischio poligenico clinico. Una tendenza può cambiare da una versione del catalogo all'altra, man mano che vengono aggiunti o rivisti studi; la versione in uso (quella del 1° giugno 2026 al momento della stesura) è indicata nella pagina sulla metodologia.

Perché una riga «Odds più alto» non è una diagnosi#

Tre cose separano una tendenza dalla Sua salute.

Manca il rischio di base. Un odds ratio scala soltanto un punto di partenza che il report non conosce. Una tendenza «Odds più alto» per una patologia rara può descrivere una probabilità che resta comunque molto bassa.

Le coorti sono per lo più europee. Il GWAS Diversity Monitor contava l'88,4% dei partecipanti agli studi di associazione sull'intero genoma come europei nella sua verifica dei dati del 6 ottobre 2026 (gwasdiversitymonitor.com, consultato il 14 ottobre 2026). Gli effetti misurati in un'origine si trasferiscono in modo imperfetto alle altre, e il report li applica senza modifiche.

Il Suo chip copre una frazione del catalogo. Un chip dei test commerciali legge qualche centinaio di migliaia di posizioni, spesso circa un quarto delle varianti principali del catalogo, quindi una patologia riceve una tendenza solo quando il Suo file misura almeno un terzo delle sue varianti note, e quella tendenza si basa soltanto su quelle varianti. Due file di due servizi diversi possono dare report diversi per la stessa persona.

Dietro a tutte e tre c'è lo stesso fatto: un'associazione è un segnale statistico in una popolazione di studio, non una causa. Da dove vengono i segnali e come vengono selezionati è il tema del nostro approfondimento sul GWAS Catalog.

Le 17 categorie#

La mappatura del catalogo sulle ontologie EFO e MONDO raggruppa le patologie in 17 categorie; le categorie non sono vendute come report separati. Una patologia viene stampata solo quando il catalogo ha righe che la riguardano e il report ha un testo che la descrive (malattia di Alzheimer, asma, schizofrenia, COVID-19 e narcolessia hanno righe nel catalogo ma ancora nessun testo), e una categoria senza patologie stampate viene saltata, quindi un report completo ha 14 sezioni per un file di sesso maschile o non determinato e 16 per un file femminile, con fino a circa 190 patologie. I nomi delle sezioni qui sotto sono quelli stampati nel PDF, così può ritrovarli nel suo sommario; gli esempi sono patologie che il report stampa.

• Malattie autoimmuni e infiammatorie: psoriasi, artrite reumatoide, malattia di Crohn
• Tumori: carcinoma mammario, carcinoma polmonare, melanoma
• Malattie cardiovascolari: fibrillazione atriale, cardiopatia coronarica, ipertensione
• Malattie congenite: celiachia
• Salute dentale e orale: carie dentale, parodontite
• Malattie dermatologiche: acne, sensibilità della pelle al sole, alopecia da chemioterapia
• Disturbi endocrini e metabolici: gotta, obesità, ipotiroidismo
• Disturbi gastrointestinali: sindrome dell'intestino irritabile, malattia da reflusso gastroesofageo (MRGE), pancreatite
• Malattie genetiche e metaboliche: ileo da meconio associato a fibrosi cistica, l'unica patologia della categoria, che non ha righe nella versione attuale del catalogo, quindi al momento la sezione non viene stampata
• Malattie infettive: epatite B, malaria, lebbra
• Disturbi muscoloscheletrici: osteoporosi, sindrome del tunnel carpale, scoliosi idiopatica adolescenziale
• Disturbi neurologici e di salute mentale: disturbo depressivo maggiore, epilessia, degenerazione maculare legata all'età
• Ostetricia e ginecologia: preeclampsia (al momento l'unica patologia della sezione; solo file femminili)
• Altro: agenesia dentale, sindrome da esfoliazione
• Salute riproduttiva: endometriosi, fibroma uterino (solo file femminili)
• Malattie respiratorie: rinite allergica, broncopneumopatia cronica ostruttiva, apnea ostruttiva del sonno
• Malattie urologiche: nefrolitiasi (calcoli renali; al momento l'unica patologia della sezione)

Alcune sezioni sono brevi perché poche delle loro patologie hanno associazioni significative a livello dell'intero genoma con una dimensione dell'effetto riportata. Farmacogenomica, stato di portatore, varianti patogene rare come quelle di BRCA1 e BRCA2, origini e varianti di geni candidati come le comuni varianti di MTHFR non sono interpretati (MTHFR rs1801133 compare solo nel report nutrizionale, come scheda gene accanto all'omocisteina, non come punteggio).

Che cosa portare al Suo medico#

Un report come questo è lo spunto per una conversazione, non un risultato in sé. Porti:

1. Il PDF, aperto alla tabella di sintesi, così le tendenze si leggono a colpo d'occhio.
2. Le righe su cui vuole fare domande, con i loro ID PubMed. Un medico o un consulente genetico può leggere lo studio dietro una riga e dire se si applica a una persona della Sua età, del Suo sesso e delle Sue origini.
3. La Sua storia familiare. Uno schema ricorrente nei parenti stretti pesa più di qualsiasi riga della tabella.
4. Che cosa il report non è. Non è un test genetico clinico; se ne serve uno, può prescriverlo un medico.

Non ha ancora generato un report? Parta dal Suo file di dati grezzi; la nostra guida per scaricare i dati del DNA da 23andMe, AncestryDNA e MyHeritage copre ogni servizio.

Domande frequenti#

Che cos'è un allele di rischio?

In una data posizione, le persone portano una di due o più varianti, chiamate alleli. L'allele di rischio è l'allele di cui lo studio riporta l'effetto, e il catalogo lo conserva in qualunque direzione vada quell'effetto. Nonostante il nome, il suo odds ratio può essere inferiore a 1, il che significa che portarlo era associato a un odds più basso della patologia.

Perché nel mio report manca uno SNP?

Cinque ragioni spiegano quasi tutte le righe mancanti: il Suo chip non ha letto quella posizione, o l'ha letta come no-call (posizione non letta); Lei non porta nessuna copia dell'allele di rischio, quindi la riga non viene mostrata; lo studio non ha indicato un allele di rischio di una sola base; l'associazione non ha superato i filtri del catalogo per significatività, dimensione dell'effetto e intervallo di confidenza; oppure per la patologia è stata conservata al suo posto una variante associata più fortemente entro 250.000 basi.

Perché strumenti diversi non concordano sullo stesso SNP?

Gli strumenti differiscono per fonti, filtri e calcoli. Uno legge i riassunti di SNPedia, un altro il GWAS Catalog con una soglia di significatività; un terzo pondera le copie di un allele o corregge per le varianti correlate. Due strumenti onesti possono dare risultati diversi a partire dallo stesso file. Prima di fidarsi dell'uno o dell'altro, confronti lo studio che ciascuno cita.

Che cosa significano «Non valutabile», «Non confrontabile» e «Nessuna differenza rilevante»?

Non valutabile: il Suo file misura meno di un terzo delle varianti che il catalogo conosce per la patologia, quindi il report non indica alcuna tendenza; le varianti che Lei porta vengono comunque elencate. Non confrontabile: vengono misurate abbastanza varianti, ma meno di un terzo delle varianti note può essere confrontato con la persona media (ciascuna richiede una frequenza nella popolazione, un effetto sulla scala della patologia e una lettura che corrisponda al filamento), quindi il report non indica alcuna tendenza. Nessuna differenza rilevante: vengono misurate e confrontate abbastanza varianti, e il Suo odds rispetto alla persona media resta tra 0,83 e 1,20. Nessuna delle tre significa che il Suo rischio sia nella media in senso clinico; il report La confronta con la persona media della popolazione dello studio e non conosce alcun rischio di base.