Gènes de la maladie cœliaque dans vos données brutes ADN : HLA-DQ2.5 (rs2187668), DQ8 (rs7454108) et ce qu'ils ne peuvent pas vous dire

Votre fichier brut 23andMe ou AncestryDNA contient les deux variants qui marquent les principaux haplotypes de la maladie cœliaque : rs2187668 pour HLA-DQ2.5 et rs7454108 pour HLA-DQ8. Cherchez les deux dans le fichier, lisez la paire dans le tableau ci-dessous, et vous savez si vous les portez. La plupart des porteurs ne développent jamais de maladie cœliaque, si bien que la réponse utile est la réponse négative ; une réponse positive est une question à poser à un médecin, pas une raison de changer d'alimentation.

Pourquoi la plupart des porteurs des gènes de la maladie cœliaque ne la développent jamais#

La maladie cœliaque est une réaction immunitaire au gluten qui abîme la muqueuse de l'intestin grêle. Elle touche environ 1 % de la population mondiale, et beaucoup de ces personnes ne sont pas diagnostiquées (NIDDK, consulté le 14 octobre 2026).

Elle ne survient presque jamais chez les personnes qui n'ont aucun des deux groupes de variants HLA, DQ2 et DQ8, qui façonnent les molécules immunitaires présentant les fragments de gluten aux lymphocytes T. Ces variants sont courants. Le NIDDK indique qu'« environ 30 pour cent des personnes ont DQ2 ou DQ8 » et que « seulement environ 3 pour cent des personnes ayant DQ2 ou DQ8 développent une maladie cœliaque » (NIDDK, consulté le 14 octobre 2026) ; une revue de 2020 situe la part de porteurs entre 30 % et 40 % de la population générale en Amérique du Nord et en Europe, environ 3 % des porteurs développant la maladie (Poddighe et al., World Journal of Gastroenterology 2020). Le calcul est parlant : si un tiers des personnes porte ces variants et que 1 % a la maladie, environ 3 porteurs sur 100 sont atteints et 97 ne le sont pas. Les gènes sont presque nécessaires mais loin d'être suffisants ; le gluten est le déclencheur, et le reste est mal compris (Aboulaghras et al., International Journal of Molecular Sciences 2023).

DQ2 existe sous plusieurs formes. DQ2.5 (la paire DQA1*05:01 et DQB1*02:01) se trouve chez environ 90 % des patients et DQ8 (DQB1*03:02) chez environ 5 % (Aboulaghras et al. 2023) ; près de 95 % des patients portent au moins l'un des deux (Monsuur et al., PLoS ONE 2008). Les autres portent surtout DQ2.2 ou la moitié de la molécule DQ2, ce qui compte pour la lacune décrite plus bas.

Les deux SNP marqueurs : rs2187668 et rs7454108#

Une puce grand public ne lit pas les gènes HLA eux-mêmes. Elle lit des positions isolées voisines, héritées avec un haplotype, appelées SNP marqueurs (tag SNPs). Monsuur et ses collègues ont montré que six de ces SNP prédisent les types DQ2.5, DQ2.2, DQ7 et DQ8 avec une sensibilité supérieure à 0,991 et une spécificité supérieure à 0,996 par rapport au typage HLA classique (Monsuur et al. 2008). Deux des six sont ceux que 23andMe lit dans son rapport sur la maladie cœliaque (23andMe for Healthcare Professionals, octobre 2017, consulté le 14 octobre 2026) :

• rs2187668 marque DQ2.5. Il se trouve dans HLA-DQA1 sur le chromosome 6, position 32 605 884 sur l'assemblage GRCh37, celui qu'utilisent les fichiers grand public, avec les allèles C et T (Ensembl GRCh37, consulté le 14 octobre 2026). Le tableau de Monsuur donne T comme allèle marqueur. SNPedia décrit ce SNP en orientation moins et appelle le même allèle A (SNPedia rs2187668), tout comme le GWAS Catalog, mais 23andMe « rapporte toutes les données de génotype sur le brin plus de GRCh37 » (page d'orientation de SNPedia) : dans votre fichier, l'allèle DQ2.5 est donc T.
• rs7454108 marque DQ8. Il se situe près de HLA-DQB1, en position 32 681 483 sur GRCh37, allèles T et C (Ensembl GRCh37). C'est un SNP d'orientation plus : C marque donc DQB1*03:02 dans votre fichier, sur SNPedia comme dans le catalogue (SNPedia rs7454108).

Le tableau utilise les lettres telles qu'elles figurent dans un fichier 23andMe, par ordre alphabétique : attendez-vous donc à CT plutôt qu'à TC. Les fréquences sont les pourcentages HapMap CEU des deux pages SNPedia, un petit échantillon européen. Les listes de puces de SNPedia indiquent les deux SNP sur les puces v3 à v5 de 23andMe et sur les puces v2 d'Ancestry, si bien qu'un fichier de l'une ou l'autre entreprise devrait les contenir.

CC au premier et TT au second signifient que vous ne portez aucun des deux haplotypes : c'est le résultat le plus précieux, pour la raison donnée dans la partie sur les limites.

La lacune DQ2.2, et ce que deux SNP manquent encore#

Deux SNP couvrent DQ2.5 et DQ8. Ils ne détectent pas DQ2.2 (la paire DQA1*02:01 et DQB1*02:02), la forme de DQ2 à plus faible risque, qui concerne la plupart des patients n'ayant aucun des deux haplotypes principaux. Dans une cohorte européenne de 1 008 patients cœliaques, 61 (6 %) n'avaient ni DQ2.5 ni DQ8 ; 57 d'entre eux portaient la moitié de la molécule DQ2, et seuls 4 patients de toute la cohorte n'en portaient aucune partie (Karell et al., Human Immunology 2003).

Déterminer DQ2.2 à partir d'un fichier brut demande de lire ensemble trois SNP, rs2395182, rs7775228 et rs4713586, le panel utilisé par Monsuur ; le génoset gs221 de SNPedia code cette combinaison (SNPedia gs221). SNPedia n'indique le troisième que sur la puce v5 de 23andMe (pas sur v3 ni v4) et sur les puces v2 d'Ancestry, et c'est un SNP d'orientation moins dont les lettres doivent d'abord être inversées : nous ne donnons donc pas de tableau DQ2.2 ici. Conséquence pratique : CC à rs2187668 et TT à rs7454108 signifient « ni DQ2.5 ni DQ8 », pas « aucun gène de la maladie cœliaque ». Le rapport de 23andMe a la même portée limitée à deux variants ; sa note de bas de page précise que le test « n'est pas destiné à diagnostiquer une maladie » et que le rapport « ne couvre pas la sensibilité au gluten non cœliaque » (23andMe for Healthcare Professionals).

Comment les trouver dans votre fichier sans l'envoyer nulle part#

1. Ouvrez le fichier dans un éditeur de texte brut. Décompressez le téléchargement (notre guide de téléchargement couvre chaque fournisseur) et ouvrez le .txt (23andMe, AncestryDNA) ou le .csv (MyHeritage) dans TextEdit, le Bloc-notes ou un éditeur de code, pas dans Excel, qui peut reformater les valeurs.
2. Cherchez rs2187668. Une ligne 23andMe ressemble à rs2187668 6 32605884 CT ; une ligne AncestryDNA sépare le génotype en deux colonnes, C et T. Notez les lettres, puis cherchez rs7454108.
3. Lisez les deux dans le tableau ci-dessus. Si une ligne affiche -- (23andMe) ou 0 0 (Ancestry), la puce n'a pas lu cette position et le fichier ne peut pas répondre.

Notre guide pour lire un fichier de données ADN brutes explique les colonnes, l'assemblage GRCh37, l'orientation des brins et les no-calls.

Ce que disent les données GWAS, et comment notre rapport les traite#

Le GWAS Catalog, la base de données sur laquelle reposent nos rapports, listait 16 associations pour rs2187668 (GWAS Catalog rs2187668, consulté le 14 octobre 2026). Deux concernent la maladie cœliaque : un odds ratio de 7,04 dans la première GWAS sur la maladie cœliaque (van Heel et al., Nature Genetics 2007) et de 6,23 dans celle qui lui a succédé en 2010 (Dubois et al., Nature Genetics 2010). La plupart des autres sont des affections immunitaires qui accompagnent le même haplotype, comme le lupus, l'hépatite auto-immune et la sarcoïdose. rs7454108 en compte 4, dont une ligne de vascularite (odds ratio 2,73), celle qui entre dans notre catalogue (GWAS Catalog rs7454108). Un odds ratio de 7 décrit les cotes chez les porteurs par rapport aux non-porteurs, pas un risque multiplié par 7 pour vous ; le chiffre de 3 % donné plus haut montre ce que cela représente en termes absolus.

Notre catalogue santé (version 2026-06-01) garde les lignes qui passent le filtre de la méthodologie, un variant principal par région pour chaque affection : pour rs2187668, exactement trois lignes, les deux lignes de la maladie cœliaque et une ligne de lupus érythémateux cutané (PubMed 25827949), et pour rs7454108, la ligne de vascularite. La maladie cœliaque elle-même, en tant qu'affection du rapport, repose sur les 23 lignes que le catalogue lui consacre. Une 24e ligne consacrée à la maladie cœliaque, rs2041570-A, issue d'une étude de la maladie cœliaque réfractaire de type II (PubMed 29787419), est rattachée à la maladie cœliaque réfractaire et s'imprime comme une affection distincte, Maladie cœliaque réfractaire. Le rapport nutrition ne fait pas entrer ces lignes dans un score : il lit les SNP marqueurs de Monsuur dans une fiche gène qui indique quels types HLA liés à la maladie cœliaque votre fichier montre, et précise que ce n'est pas un diagnostic.

Deux réserves sur la façon dont ces lignes arrivent dans votre PDF. D'abord, le brin. Le catalogue écrit l'allèle à risque cœliaque de rs2187668 A, la lettre du brin moins, alors que votre fichier indique C ou T. Notre générateur interprète une lecture sur le brin d'ADN auquel elle correspond, et pour ce variant cela donne ceci. Une lecture CT contient T, le complément de A, avec une autre base : elle est donc lue sur l'autre brin et compte une copie, affichée dans le tableau de la maladie cœliaque comme allèle à risque T, avec un odds ratio de 6,23 et une fréquence de 0,26 (Dubois et al. 2010). Une lecture CC ne contient aucune des deux bases et compte zéro copie, en dessous de la moyenne, sans ligne. Une lecture TT, faite uniquement de la base complémentaire, ne peut être placée sur aucun brin et n'est pas comptabilisée du tout. La tendance de la maladie cœliaque compte donc une copie unique de DQ2.5, mais pour un fichier qui en porte deux, elle laisse rs2187668 de côté ; lisez votre statut DQ2.5 dans le tableau plus haut plutôt que dans la tendance. La ligne du lupus érythémateux cutané est rapportée en T et correspond telle quelle à un porteur de DQ2.5, et la ligne rs7454108-C correspond comme prévu à un fichier CT ou CC. Ensuite, le texte de l'affection est classé dans la section Maladies congénitales du rapport de santé complet, tandis que le lupus érythémateux cutané et la vascularite figurent dans Maladies auto-immunes et inflammatoires. Chaque ligne affiche le rsID, votre génotype, l'allèle à risque, vos copies de cet allèle, sa fréquence, l'odds ratio par copie et les liens PubMed (voir l'exemple de rapport) ; la tendance compare vos copies à celles de la personne moyenne, garde un variant principal par région, prend une étude par variant et n'utilise aucun risque de base : c'est une association, pas un score de risque. Comme pour APOE, c'est la ligne qui vous apprend quelque chose.

Ce que le résultat ne peut pas vous dire#

• Un marqueur n'est pas le gène. Le panel de Monsuur a été mis au point dans des cohortes néerlandaises et vérifié sur des échantillons britanniques, espagnols et italiens ; le lien entre un SNP marqueur et un haplotype peut différer ailleurs, et c'est pourquoi 23andMe indique que son rapport est surtout pertinent pour les personnes d'ascendance européenne.
• C'est le négatif qui est utile. Le test HLA de la maladie cœliaque « a une faible valeur prédictive positive mais une valeur prédictive négative élevée » (Aboulaghras et al. 2023) ; le NIDDK le formule ainsi : « si vous n'avez pas ces variants génétiques, il est très peu probable que vous ayez la maladie cœliaque » et « avoir DQ2 ou DQ8 seul ne signifie pas que vous avez la maladie cœliaque » (page diagnostic du NIDDK, consulté le 14 octobre 2026). Avec la lacune DQ2.2, un négatif tiré d'un fichier grand public est un peu moins solide qu'un négatif de laboratoire.
• Les symptômes relèvent de la sérologie, pas d'un fichier brut. Le test de première intention est la recherche d'anticorps IgA anti-transglutaminase tissulaire (tTG-IgA), positive chez environ 93 % des patients qui consomment du gluten et négative chez environ 96 % des personnes sans la maladie ; une biopsie de l'intestin grêle confirme le diagnostic (Celiac Disease Foundation, consulté le 14 octobre 2026). Le test d'anticorps ne fonctionne que tant que vous mangez du gluten, et le NIDDK note que les médecins « ne recommandent pas de commencer un régime sans gluten avant les tests diagnostiques ». Si vous avez des symptômes, consultez un médecin ou un gastro-entérologue, avec les deux lignes de votre fichier comme contexte. Chaque haplotype vient d'un parent : un résultat positif renseigne donc aussi sur vos frères, sœurs et enfants.

FAQ#

23andMe teste-t-il la maladie cœliaque ?

Oui, de deux façons. Le rapport de risque génétique sur la maladie cœliaque, l'un des dix rapports autorisés par la FDA le 6 avril 2017 (communiqué de presse de 23andMe, consulté le 14 octobre 2026), lit rs2187668 et rs7454108 et n'est vendu, au moment où nous écrivons, qu'avec le service Santé dans huit pays. Par ailleurs, le fichier brut de chaque client contient les deux rsID : même un kit limité à l'ascendance vous donne les deux lettres.

Combien de gènes interviennent dans la maladie cœliaque ?

HLA-DQ est de loin le plus fort, et c'est ce qui permet à deux SNP marqueurs d'être informatifs. Au-delà, un génotypage dense a porté en 2011 le nombre de loci de risque connus, HLA compris, à 40, chacun des autres ayant un petit effet (Trynka et al., Nature Genetics 2011). Notre catalogue santé garde le variant principal de la maladie cœliaque de chaque région, chacun relié à son étude.

Peut-on avoir la maladie cœliaque sans le gène ?

Rarement. Sur 1 008 patients européens, 6 % n'avaient ni DQ2.5 ni DQ8, mais presque tous portaient la moitié de la molécule DQ2, et seuls 4 patients n'en portaient aucune partie (Karell et al. 2003). Les deux SNP grand public ne voient pas ce groupe demi-DQ2 ou DQ2.2 : « négatif dans mon fichier » ne veut donc pas tout à fait dire « aucun gène de la maladie cœliaque » ; un test HLA en laboratoire en est la version plus stricte.

Dois-je arrêter le gluten si je porte DQ2 ou DQ8 ?

Pas sur la seule base du gène. Environ 97 % des porteurs ne développent jamais de maladie cœliaque, et passer au sans-gluten avant les tests rend le test d'anticorps peu fiable, ce qui peut laisser un vrai cas non diagnostiqué. Si vous avez des symptômes ou des antécédents familiaux, demandez à un médecin un test tTG-IgA tant que vous mangez encore du gluten, et apportez les deux lignes de votre fichier à ce rendez-vous.