APOE dans vos données brutes 23andMe ou AncestryDNA : lire rs429358 et rs7412

Votre fichier brut 23andMe ou AncestryDNA contient les deux variants qui définissent le statut APOE, rs429358 et rs7412, que vous ayez payé un rapport de santé ou non. Cherchez les deux rsID dans le fichier, lisez la paire dans le tableau ci-dessous, et vous avez votre génotype ε2/ε3/ε4. Avant cela, lisez le paragraphe suivant : c'est un résultat que beaucoup regrettent d'avoir consulté.

Avant de regarder. Ce résultat change la façon dont on envisage son avenir, ne s'oublie pas, et dit quelque chose de vos parents, frères, sœurs et enfants, qui partagent vos allèles. La position de l'Alzheimer's Association est que toute personne qui envisage un test génétique « devrait bénéficier d'un conseil génétique avant que le test soit prescrit » (alz.org, consulté le 14 octobre 2026). Dans l'essai REVEAL, 162 enfants adultes de patients atteints d'Alzheimer ont été randomisés et 111 d'entre eux ont appris leur résultat APOE avec un accompagnement : en moyenne, aucune anxiété ni dépression significative n'a suivi à court terme, mais les personnes déjà en détresse auparavant ont eu le plus de mal (Green et al., NEJM 2009). Si vous pensez être dans ce cas, parlez d'abord à un conseiller en génétique. Le fichier sera encore là le mois prochain.

Ce que sont APOE ε2, ε3 et ε4#

APOE est un gène du chromosome 19 qui code l'apolipoprotéine E, une protéine qui transporte le cholestérol dans le sang et le cerveau. Il existe sous trois allèles courants : ε2, ε3 et ε4. Dans le monde, environ 8 % des allèles sont ε2, 78 % ε3 et 14 % ε4 (Liu et al., Nature Reviews Neurology 2013). Vous en portez deux, un de chaque parent, donc votre génotype est une paire comme ε3/ε3, ε3/ε4 ou ε4/ε4.

ε4 est le facteur de risque génétique courant le plus fort pour la maladie d'Alzheimer à début tardif ; des études rapportent aussi des associations avec un cholestérol LDL plus élevé et la maladie coronarienne, ce qui explique sa présence dans plusieurs catégories d'un rapport fondé sur les GWAS. ε2 est associé à un risque d'Alzheimer plus faible et à un LDL plus bas. Rien de tout cela ne dit si vous aurez une maladie ; la section sur les odds ratios, plus bas, dit de combien il déplace les probabilités.

Les deux SNP : rs429358 et rs7412#

Les trois allèles diffèrent à deux positions, distantes de 138 bases :

• rs429358 : chromosome 19, position 45 411 941 sur l'assemblage GRCh37, celui qu'utilisent les fichiers 23andMe et AncestryDNA. La base de référence est T ; C définit ε4 (Ensembl GRCh37, SNPedia rs429358, consulté le 14 octobre 2026).
• rs7412 : chromosome 19, position 45 412 079 sur GRCh37. La base de référence est C ; T définit ε2 (Ensembl GRCh37, SNPedia rs7412).

Le tableau utilise les lettres exactement telles qu'un fichier 23andMe les imprime : 23andMe rapporte chaque génotype sur le brin plus de GRCh37 (l'en-tête de son fichier le dit, et la page d'orientation de SNPedia dit la même chose), les deux SNP sont des variants du brin plus dans dbSNP, donc rien n'est à inverser, et les deux lettres d'un appel sont imprimées par ordre alphabétique, attendez-vous donc à CT plutôt qu'à TC.

La correspondance vient du tableau des génosets APOE de SNPedia ; la fréquence de ε3/ε3 vient de sa page gs246, et les chiffres pour ε4 suivent les estimations américaines de l'Alzheimer's Association, selon lesquelles 20 à 30 % des personnes portent une ou deux copies et environ 2 % en portent deux (alz.org, consulté le 14 octobre 2026). La ligne CT/CT est une limite des données de puce : une puce ne peut pas dire si les deux appels hétérozygotes se trouvent sur le même chromosome ou sur des chromosomes opposés.

Comment les trouver dans votre fichier sans l'envoyer nulle part#

Trois étapes, aucun site web nécessaire :

1. Ouvrez le fichier dans un éditeur de texte brut. Décompressez le téléchargement (voir notre guide de téléchargement) et ouvrez le .txt (23andMe, AncestryDNA) ou le .csv (MyHeritage) dans TextEdit, le Bloc-notes ou un éditeur de code, pas dans Excel, qui peut reformater les valeurs.
2. Cherchez rs429358. Une ligne 23andMe ressemble à rs429358 19 45411941 CT, avec le génotype en un seul champ de deux lettres ; une ligne AncestryDNA sépare les allèles en deux colonnes, C et T. Notez les lettres, puis cherchez rs7412.
3. Lisez la paire dans le tableau ci-dessus. Si une ligne affiche -- (23andMe) ou 0 0 (Ancestry), la puce n'a pas pu lire cette position (no-call) et le fichier ne peut pas répondre.

Notre guide pour lire un fichier de données brutes ADN explique les colonnes, les assemblages et les no-calls. Les étiquettes de puces de SNPedia listent les deux SNP sur les puces v3 à v5 de 23andMe et les puces v2 d'Ancestry, donc un fichier de l'une ou l'autre société devrait les contenir.

Pourquoi un fichier AncestryDNA peut afficher rs429358 en TT pour tout le monde#

Il existe un signalement communautaire ancien selon lequel les fichiers AncestryDNA génotypent mal rs429358. La page de génoset de SNPedia pour ε3/ε3 indique que « les données Ancestry rapportent toujours rs429358 en (T;T), même pour des personnes dont les données d'autres sources indiquent qu'elles sont (C;T) » (notre traduction), parle d'un problème de faux négatifs, et avertit que les génosets APOE attribués à partir de données Ancestry, y compris par Promethease, seront faux pour certains utilisateurs qui sont en réalité ε3/ε4 ou ε4/ε4 (SNPedia gs246, dernière modification le 4 janvier 2018, consulté le 14 octobre 2026). Nous n'avons trouvé aucune déclaration d'Ancestry confirmant ou corrigeant le problème et ne l'avons pas vérifié sur un fichier de 2026 ; traitez-le donc comme un problème signalé. S'il se confirme, l'erreur va dans un seul sens : un TT Ancestry peut masquer ε4 ; un CT ou un CC n'est pas un faux positif de la même manière.

Une seconde réserve est plus récente. Genetic Lifehacks rapporte que les fichiers bruts AncestryDNA ont changé début mars 2026 et contiennent désormais beaucoup moins de variants (Genetic Lifehacks, source unique, consulté le 14 octobre 2026). Nous ne savons pas si rs429358 et rs7412 ont survécu au changement ; si votre fichier date d'après mars 2026 et que les lignes manquent, c'est la raison.

Si un résultat APOE compte pour une décision, un fichier de puce grand public n'est pas le bon endroit pour le trancher ; un test en laboratoire clinique, prescrit et lu avec un conseiller en génétique, l'est.

Ce que les odds ratios signifient en termes absolus#

Une ligne GWAS rapporte un odds ratio, et un odds ratio n'est pas une probabilité. Pour APOE, les chiffres sont assez grands pour mériter une traduction. Par rapport à ε3/ε3, une grande méta-analyse de 1997 sur des personnes d'ascendance européenne a trouvé un odds ratio d'environ 3 pour une copie de ε4 (ε3/ε4 : 3,2) et de 12 à 15 pour deux (ε4/ε4 : 14,9), avec des effets plus faibles chez les personnes d'ascendance africaine et hispanique (Farrer et al. 1997, résumé dans Liu et al. 2013). Une analyse ultérieure d'environ 7 500 cas et 10 132 témoins a trouvé 3,6 et 14,5, et 0,56 pour les porteurs de ε2 (Genin et al., Molecular Psychiatry 2011) ; l'article de 23andMe sur son rapport Alzheimer utilise les fourchettes « environ trois fois » et « huit à douze fois » (23andMe, 2 décembre 2022, consulté le 14 octobre 2026).

Genin et ses collègues ont aussi converti les odds en risque cumulé à 85 ans :

Une copie de ε4 triple à peu près un risque qui part de moins de 10 %, donc environ trois porteurs sur quatre atteignent 85 ans sans la maladie. Deux copies, c'est une autre situation : environ la moitié sont atteints avant 85 ans, l'âge moyen de début passe de 84 ans chez les non-porteurs à 68 ans (Liu et al. 2013), et une étude de 2024 portant sur 3 297 cerveaux autopsiés et 10 039 participants vivants a trouvé une biologie de la maladie d'Alzheimer chez presque tous les porteurs ε4/ε4 dès le milieu de la soixantaine, ce qui a conduit ses auteurs à proposer l'homozygotie ε4 comme une forme génétique de la maladie (Fortea et al., Nature Medicine 2024). Entre 40 % et 65 % des personnes diagnostiquées avec la maladie d'Alzheimer portent ε4 (alz.org), ce qui signifie aussi qu'un tiers ou plus ne le portent pas. Ces chiffres viennent de cohortes d'ascendance majoritairement européenne, et ils décrivent des groupes, pas vous.

Comment le rapport Neurologie et santé mentale de Full Human l'affiche#

Notre rapport Neurologie et santé mentale (l'exemple de rapport montre les mêmes tableaux) n'imprime pas « ε3/ε4 ». Il imprime les lignes du GWAS Catalog auxquelles votre fichier correspond. Le catalogue santé que nous livrons (version du 1er juin 2026) compte 482 lignes associées à la maladie d'Alzheimer sur de nombreux variants ; rs429358 apparaît dans 71 lignes de nos catalogues santé et nutrition, dont 57 dans le catalogue santé, sous la maladie d'Alzheimer, la démence à corps de Lewy, le diabète de type 2 et l'infarctus du myocarde, entre autres, et rs7412 dans 15 lignes, dont la maladie d'Alzheimer et la maladie coronarienne.

Chaque ligne affiche le rsID, l'allèle à risque rapporté par l'étude, votre génotype, l'odds ratio et l'identifiant PubMed, comme l'explique notre guide pour lire le rapport de santé. Une ligne d'étude ne compte que si votre génotype contient l'allèle à risque qu'elle a rapporté, et le tableau regroupe les lignes correspondantes en une ligne par rsID, génotype et allèle à risque, l'effet étant moyenné par étude puis entre études. La plupart des lignes Alzheimer pour rs429358 nomment C comme allèle à risque, avec des odds ratios entre environ 1,6 et 4,2 ; une étude de 2025 nomme T (odds ratio 3,1) et une autre rapporte cinq lignes protectrices pour T (0,42 à 0,61). Ainsi, un fichier CT ou CC correspond aux lignes C, un fichier TT ne correspond qu'aux lignes T, et même un rapport ε3/ε3 affiche une ligne rs429358 avec l'allèle à risque T sous la maladie d'Alzheimer ; un fichier CT affiche deux lignes, une par allèle. L'effet imprimé est la moyenne des études derrière cette ligne, pas la fourchette. Les lignes dont l'étude n'a rapporté aucun allèle à risque (« ? ») ne correspondent jamais et ne sont pas comptées.

Le verdict par affection (« Risque plus élevé », « Risque moindre » ou « Risque moyen indéterminé ») multiplie les odds ratios de chaque ligne correspondante pour cette affection. Comme la page de méthodologie le détaille, il ne distingue pas une copie de deux, ne corrige pas les variants corrélés et n'utilise aucun risque de base : c'est une association, pas un score de risque polygénique et pas un diagnostic. Pour un porteur de ε4, le verdict Alzheimer se lira généralement « Risque plus élevé » ; la ligne qui vous apprend quelque chose est la ligne rs429358 dont l'allèle à risque est C. Lisez les lignes, puis apportez la page à un médecin ou à un conseiller en génétique. Rien ne quitte votre appareil : le fichier est analysé dans votre onglet de navigateur et le PDF y est écrit, ce que vous pouvez vérifier vous-même.

FAQ#

23andMe teste-t-il APOE4 ?

Oui, de deux façons. Le rapport de risque génétique de 23andMe pour la maladie d'Alzheimer à début tardif, l'un des dix rapports autorisés par la FDA le 6 avril 2017 (communiqué de presse de 23andMe, consulté le 14 octobre 2026), rapporte le variant ε4 mais n'est vendu qu'avec le service Santé dans huit pays. Le fichier brut de chaque client, lui, contient rs429358 et rs7412, même avec un kit limité à l'ascendance.

Quel est le rsID d'APOE ?

Il y en a deux. rs429358 (chromosome 19, position 45 411 941 sur GRCh37) définit ε4 quand il se lit C, et rs7412 (position 45 412 079) définit ε2 quand il se lit T. Aucun des deux ne suffit seul à donner votre génotype APOE ; il vous faut les deux. Chercher « APOE » dans un fichier brut ne donne rien, car il liste des rsID, pas des noms de gènes.

Peut-on porter APOE4 et ne jamais développer la maladie d'Alzheimer ?

Oui, et la plupart des porteurs d'une copie ne la développent pas. Selon les estimations de risque cumulé de Genin et al. 2011, environ 23 % des hommes et 30 % des femmes ε3/ε4 développent la maladie d'Alzheimer avant 85 ans. Deux copies portent un risque bien plus élevé, environ la moitié d'ici 85 ans, sans être une certitude. ε4 est un facteur de risque, pas une cause à lui seul.

Dois-je connaître mon statut APOE ?

C'est une décision personnelle : pour un adulte en bonne santé, aucune prévention approuvée ne dépend aujourd'hui du résultat. Dans l'essai REVEAL, apprendre le résultat avec un accompagnement n'a pas causé de détresse durable en moyenne, mais les personnes déjà anxieuses ont eu plus de mal. Avant de regarder, obtenez un conseil génétique, décidez ce que vous feriez de chaque résultat, et souvenez-vous que vos proches partagent la réponse.